Les organes du CCIB sont :

• Le Conseil d’orientation :  C’est l’organe de conseil, d’orientation, de régulation et de suivi de la structure. Les conseillers sont des personnalités choisies pour leur probité, leurs compétences et leurs engagements pour les questions du développement inclusif. Le Conseil d’orientation est composé comme suit : Un conseiller des affaires scientifiques et culturelles, Un conseiller des affaires religieuses, Un conseiller chargé des questions de développement, Une conseillère chargée des questions du genre et d’équité

• La Coordination Nationale : Elle est l’organe d’exécution des décisions de l’Assemblée générale. Elle est mandatée par l’AG pour agir en toutes circonstances au nom du CCIB et assure la gestion quotidienne relatives à la vie de l’association et de son animation permanente. Elle est également chargée de la création et du suivi des Antennes Régionales et de la coordination des activités sur le plan national. Son bureau est composé de 11 membres, ayant à sa tête un Coordonnateur National. La durée du mandat est de 3 ans renouvelable

• Le Commissariat aux comptes: Il est composé de deux membres. Ils sont élus par l’Assemblée Générale pour un mandat de trois (03) ans renouvelable. Ils ne sont ni membres du Bureau de coordination ni du bureau régional. Il contrôle et vérifie l’exactitude des comptes du CCIB

• L’Antenne Régionale: L’Antenne Régionale est l’organe décentralisé du CCIB. Elle a pour mission de gérer un centre islamique au niveau régional selon la philosophie de l’association. Elle est chargée de l’exécution des décisions issues des assemblées générales, de la gestion et de la coordination des activités au niveau régional. Elle rend compte directement à la Coordination Nationale.

Les instances du CCIB sont :

• L’Assemblée Générale: Elle regroupe les membres actifs et les membres d’honneur. Elle se réunit chaque année sur convocation du Coordonnateur National sous forme de convention d’évaluation d’étape et tous les trois ans en guise de congrès souverain. Elle délibère à la majorité des deux tiers des membres actifs, votants. Seuls les membres à jour de leur cotisation sont éligibles et électeurs. Elle peut se réunir en session extraordinaire pour répondre à une préoccupation urgente sur convocation du Coordonnateur National, ou à la demande des 2/3 au moins des membres de l’Assemblée Générale.

• Le Conseil d’administration : Le Conseil d’Administration est l’organe qui promeut la vision générale du CCIB et contribue à la réalisation des orientations de l’association. Il valide tout document soumis à son instance. Le Président du Conseil d’orientation préside le Conseil d’administration.